Během autofágie (jakéhosi sebepojídání) dodávají buňky cytoplasmatické složky, včetně celých organel, do lyzosomů, kde jsou odbourávány. Tento základní recyklační pochod nastává během zásadních vývojových změn a v období vážného nedostatku potravy. Teď se ukazuje, že autofágie je možná i složkou stárnutí buněk. Jde totiž o to, že nedostatky v „domácím úklidu” mohou vést k tvorbě nádorů a degeneraci nervového systému. Souvisí to i s tím, že mírné snížení příjmu potravy (od červů až po člověka) často vede k prodloužení života. Stárnutí je totiž dáno vysokou produkcí volných radikálů a nedokonalostí opravných systémů při replikaci, popřípadě transkripci, DNA. Tím, že se podaří odstranit zdroje volných radikálů – a to jsou především mitochondrie – se může zvýšit úloha autofágie. K jejímu zvýšení přispívá tvorba tzv. autofagosomů prodlužováním membrán endoplasmatického retikula za účasti dvou autofágních proteinů Atg1 a Atg13, jejichž činnost může být potlačena jejich nadměrnou fosforylací. V tom zase hraje roli protein zvaný rapamycin.